Concept

FoldTimes は、構造生物学に携わる方のための情報収集サポートサイトです。前日に論文データベース(Europe PMC)へ新しく登録された査読済みのオープンアクセス論文の中から、構造生物学の論文を毎日ピックアップしてご紹介します。

  1. 1,29611月4日に Europe PMC へ
    登録されたオープンアクセス論文
  2. 36構造生物学の論文として
    全文を読んで確かめた
  3. 5記事にしたNew Structure1Structure Update3Structure-Based Study1
11.04 の新着から 11.05 号へ

Picked up Today’s Structure

Picked up Today’s Structure

構造図:Podophage A1002 (P. aeruginosa)

New Structure

Podophage A1002 (P. aeruginosa)

緑膿菌ファージA1002は、尾の繊維を2種類のタンパク質で組む

完全な粒子をクライオ電顕で解析。ノズルが2つのタンパク質に分かれ、尾に6本の鎖状繊維が巻きつく

疑問・課題
緑膿菌に感染するファージの高分解能構造は少なく、耐性株に感染するポドファージではDEVしか調べられていなかった。
アプローチ
カルバペネム耐性緑膿菌に感染するポドファージA1002の成熟粒子をクライオ電顕で解析し、AlphaFold3の予測も使って構成タンパク質を同定した。
結果
頭部から尾まで11種類の構造タンパク質を同定した。ノズルは2つのタンパク質に分かれ、尾に6本の鎖状繊維が巻きついていた。
わかったこと
ノズルの働きは2つのタンパク質に分担されていた。繊維は2種のタンパク質の二量体でできており、有尾ファージでは初めての報告という。
  1. PDB 公開待ちDoc2B–Munc13-1 complex
  2. 20S proteasome (P. falciparum, human)20S proteasome
  3. Human CDK12/Cyclin KHuman CDK12/Cyclin K
  4. WRAP-MspA (M. smegmatis porin A)WRAP-MspA
  1. Issue No. 29 · Wednesday2026.11.04

    Structure Update2

    MexBChicken MHC class I BF2*21:01
  2. Issue No. 28 · Tuesday2026.11.03

    Structure Update3Structure-Based Study1

    SARS-CoV-2 NSP3 Mac1 macrodomainHuman ALDH1B1CryoAssignHuman GSK3β
  3. Issue No. 27 · Monday2026.11.02

    記事なし

  4. Issue No. 26 · Sunday2026.11.01

    Structure Update3Structure-Based Study1

    M2 MspA nanoporeHuman EGFR kinase domain with ZNL-1KLVFFA peptide (Aβ segment) and hydratesReactive arginines; cyclophilin A R55
  5. Issue No. 25 · Saturday2026.10.31

    Structure Update2Structure-Based Study1

    Gdi-1 CP group II intronT. denticola NanH sialidaseNur77 (NR4A1) ligand-binding domain

About FoldTimes

紹介する論文

FoldTimes では、構造生物学の論文を以下のように分類し、ご紹介しています。

  • New Structure構造が初めて解かれたタンパク質の論文
  • Structure Update既に構造があるタンパク質の新しい構造(別の構造状態や複合体など)の論文
  • Structure-Based Study既存の構造を使って仕組みの解明や創薬に迫った注目の研究論文(1 日 3 本まで)
  • PDB ID を本文から確かめられない論文は、構造図なしでの紹介になります。
掲載のタイミング

論文は、論文データベースに登録された翌日にご紹介します。

  • データベースに論文が届く時期は、雑誌によって異なり、Nature 系の雑誌は出版からおよそ 1 か月後に届くため、掲載もそのころになります。
記事のつくり

各記事では、論文が明らかにしたことを短くまとめ、構造図とリガンド結合部位の拡大図、実験条件のメモを添えています。

  • 分解能・PDB ID・リガンド名は、PDB と UniProt から取得しています。
  • 構造図は、PDB の座標から描画しています。
  • 紹介文は AI が論文本文をもとに作成し、内容ごとに論文本文の該当箇所を引用しています。
  • 引用した箇所が本文にそのままあるかと、分解能などの数値が論文や PDB と合っているかは、プログラムで照合しています。
  • 公開の前に、編集者が記事の見出しと要約を確認しています。
著作権と出典

ご紹介する論文は、全文が無料で読めるオープンアクセス論文です。

  • その多くは、CC BY などのクリエイティブ・コモンズ・ライセンスで公開されています。
  • 記事の文章は、論文の転載や翻訳ではなく、論文の内容をもとに日本語で新しく書いたものです。
  • 論文の文章は、根拠として短い英文を引用するにとどめ、「原文」と明示しています。
  • 各記事には、雑誌名とライセンス、原著論文へのリンクを載せています。
  • 論文の図や表は載せていません。
  • 論文の著作権は、それぞれの著者または出版社にあります。
  • PDB のデータ(CC0)とUniProt のデータ(CC BY 4.0)を、それぞれのライセンスに従って使っています。

FoldTimes in Numbers

発行した号30
紹介した論文200
掲載誌69
初めて構造が解かれたタンパク質を含む論文42 / 200 本
21%
Papers per IssueNew StructureStructure UpdateStructure-Based Study
号ごとの紹介本数
号New StructureStructure UpdateStructure-Based Study
2026-10-07130
2026-10-08040
2026-10-09140
2026-10-10060
2026-10-11430
2026-10-12012
2026-10-13100
2026-10-14140
2026-10-15020
2026-10-16330
2026-10-17001
2026-10-184101
2026-10-193111
2026-10-20213
2026-10-21462
2026-10-22481
2026-10-23493
2026-10-242101
2026-10-25211
2026-10-26001
2026-10-27020
2026-10-28022
2026-10-293162
2026-10-302122
2026-10-31021
2026-11-01031
2026-11-02000
2026-11-03031
2026-11-04020
2026-11-05131

Journals論文数

  • Nature Communications37
  • hLife11
  • Nucleic Acids Research11
  • Nature Structural & Molecular Biology8
  • Science Advances8
  • The Journal of Biological Chemistry8
  • eLife6
  • Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America6
  • Journal of the American Chemical Society5
  • Nature5
  • Nature Chemical Biology5
  • bioRxiv4
  • Cell Reports Medicine4
  • Communications Biology4
  • ACS Central Science3
  • iScience3
  • Journal of Virology3
  • PLOS Pathogens3
  • ACS Bio & Med Chem Au2
  • Acta Pharmaceutica Sinica. B2
  • Angewandte Chemie (International Ed. in English)2
  • Biochemistry2
  • Biomolecules2
  • Chemistry (Weinheim an Der Bergstrasse, Germany)2
  • Journal of Medicinal Chemistry2
  • mBio2
  • Microbiology Spectrum2
  • Photosynthesis Research2
  • PLOS Biology2
  • Protein Science : A Publication of the Protein Society2
  • RSC Chemical Biology2
  • Science (New York, N.Y.)2
  • Scientific Reports2
  • ACS Omega1
  • Acta crystallographica. Section D, Structural biology1
  • Advanced Science1
  • Analytical Chemistry1
  • Biochemical Journal1
  • Biophysics and Physicobiology1
  • Cell1
  • Cell Discovery1
  • Cell Reports1
  • Chembiochem1
  • Communications Chemistry1
  • Computational and Structural Biotechnology Journal1
  • Engineering Microbiology1
  • European Journal of Medicinal Chemistry1
  • Frontiers in Pharmacology1
  • Glycobiology1
  • JACS Au1
  • Journal of Chemical Information and Modeling1
  • Journal of thrombosis and haemostasis : JTH1
  • Magnetic Resonance Letters1
  • Microbial Biotechnology1
  • NAR Molecular Medicine1
  • Nature Cell Biology1
  • Npj Structural Biology1
  • npj Viruses1
  • Plant Direct1
  • PNAS Nexus1
  • Redox Biology1
  • Research Square1
  • Science Translational Medicine1
  • Structure (London, England : 1993)1
  • The EMBO Journal1
  • The FASEB Journal1
  • The Febs Journal1
  • The Journal of Experimental Medicine1
  • The Journal of Physical Chemistry Letters1