New Structure

42 Articles

構造が初めて解かれたタンパク質。

2026.11.051

  1. 構造図:ポドファージA1002(緑膿菌)

    Podophage A1002 (P. aeruginosa)

    緑膿菌ファージA1002は、尾の繊維を2種類のタンパク質で組む

    完全な粒子をクライオ電顕で解析。ノズルが2つのタンパク質に分かれ、尾に6本の鎖状繊維が巻きつく

2026.10.302

  1. 構造図:EIGHT fold(結び目タンパク質)

    EIGHT fold knotted proteins (Lachnospiraceae)

    腸内細菌に、8交差の複雑な結び目をもつタンパク質が見つかった

    X線構造で結び目を確かめ、変性は6段階で進むと分かった

  2. 構造図:ChOGRE23(ニワトリDNA)

    ChOGRE23 G-quadruplex (chicken β-globin origin)

    ニワトリの複製起点のDNAは、Cが飛び出したG4を作る

    NMRで決めた3層の(3+1)ハイブリッド型で、5'端のGがanti型で外側の層に入る

2026.10.293

  1. 構造図:OmcE ナノワイヤー(D. soudanensis)

    OmcE cytochrome nanowire (D. soudanensis)

    電気を運ぶ細菌のナノワイヤーは、逆向きに束ねて並ぶ

    深部地下の塩水に棲む菌のシトクロム線維をクライオ電顕で解き、束の接触面を示した

  2. 構造図:鞭毛の輸送装置(ライム病菌)

    Flagellar export apparatus (B. burgdorferi)

    鞭毛の輸送装置は、脂質の層を挟んでFlhAとつながる

    ライム病菌の細胞内でin situクライオ電顕により解析。膜が大きく曲がり、漏斗状の通り道ができていた

  3. 構造図:WDR82–PNUTS–Symplekin–Ssu72

    WDR82–PNUTS–Symplekin–Ssu72 (S. pombe)

    WDR82は、2つの短い配列で分かれた相手をつなぐ

    PNUTSとSymplekinがWD40タンパク質WDR82の別々の面に結合する構造を、X線結晶構造で示した

2026.10.252

  1. 構造図:Hda–DnaN(大腸菌)

    Hda–β clamp (DnaN) complex (E. coli)

    Hda–βクランプ複合体は、濃度に応じて組み合わせを変える

    クライオ電顕で4つの状態を解析。八量体では活性中心のアルギニンが埋まる

  2. 構造図:CFAT(C. ochracea)

    COCFAT (Capnocytophaga ochracea)

    システイン酸を選ぶ酵素は、二量体の境目に結合ポケットを持つ

    細菌のスルホ脂質をつくるCFATの結晶構造。基質結合型は2.46 Å

2026.10.242

  1. 構造図:ALP・ProtK(緑膿菌ほか)

    Alkaline phosphatase (P. aeruginosa) / proteinase K

    アルカリホスファターゼとプロテイナーゼKが、繊維を作る

    クライオ電顕で、緑膿菌ALPのフィラメントとProtKのナノチューブの構造を決めた

  2. 構造図:ORF3a特異的TCR(SARS-CoV-2)

    SARS-CoV-2 ORF3a-specific TCRs / HLA-A*01:01

    同じβ鎖でも、α鎖が違うとT細胞受容体の抱き方が変わる

    SARS-CoV-2 ORF3aペプチドを認識するパブリックTCRとプライベートTCRを約3 Åで比べた

2026.10.234

  1. 構造図:ScMK(出芽酵母)

    ScMK (S. cerevisiae mevalonate kinase)

    大小5種の阻害剤を、酵母のMKは同じ部位で受け止める

    5つの阻害剤複合体の結晶構造で、小さなループと側鎖の動きが鎖長の差を吸収していた

  2. 構造図:DAB1(Thermocrinis albus)

    DAB1 complex (T. albus)

    DAB1複合体のクライオ電顕で、活性部位の2状態が見えた

    状態Aは反応物の入口、状態BはHCO3−の出口とみられる通路が開いていた

  3. 構造図:CAPADH(B. fragilis・C. leptum)

    CAPADH (B. fragilis, C. leptum)

    アグマチンは、細菌の脱水素酵素のNADPH結合を34倍強める

    apo結晶構造とSAXSで、NADP+が加わると酵素が閉じた配置になることを示した

  4. 構造図:Blm10:13S(酵母)

    Blm10:13S proteasome intermediate (S. cerevisiae)

    Blm10とPba1は、並行する別の経路で働くらしい

    組み立て中間体5種をクライオ電顕で解き、両者の結合は排他的と分かった

2026.10.224

  1. 構造図:VZV カプシド

    VZV B- and C-capsids (varicella-zoster virus)

    VZVのカプシドは、ジスルフィド結合で安定化している

    B・Cカプシドをクライオ電顕で3.1 Åまで解き、ポータル頂点の違いも調べた

  2. 構造図:ジカウイルス NS1

    ZIKV NS1–Fab complexes (Zika virus)

    ジカウイルスNS1の外側の面を覆う抗体が見つかった

    5種の抗体との複合体をクライオ電顕で解析し、結合様式を2群に分けた

  3. 構造図:JMTV・ALSV の RdRp

    RdRp of Jingmen tick virus and Alongshan virus

    分節型フラビ様ウイルスのRdRpは亜鉛結合部位を欠く

    JMTVとALSVのRdRpの結晶構造は、典型的なフラビウイルスと似た形だった

  4. 構造図:コウモリ MHC-II(EF)

    Bat MHC-II (Eptesicus fuscus) with peptides

    AlphaFoldでMHC-IIの結合ペプチドを種を超えて予測

    予測ツールAF-predをコウモリMHC-IIの結晶構造と結合実験で検証した

2026.10.214

  1. 構造図:EV71 RdRP(エンテロウイルス71)

    Enterovirus A71 RdRP (S417G) elongation complex

    レムデシビルは、RdRPの移動と次の反応を100倍以上遅らせる

    EV71 RdRPの結晶構造と速度論で、セリン417が通り道をふさぐ様子を示した

  2. 構造図:MGAT1(ヒト)

    Human MGAT1

    MGAT1の阻害剤は、活性部位とは別のポケットに入る

    ヒトMGAT1の結晶構造から、肺がんの免疫回避に関わる酵素の新しい結合部位が見えた

  3. 構造図:Stk1(黄色ブドウ球菌)

    Stk1 kinase (S. aureus)

    MRSAのβ-ラクタム耐性は、キナーゼStk1の阻害で弱まる

    Stk1と阻害剤GWXの結晶構造は、DFG-out型の不活性な状態を示した

  4. 構造図:MPO–Fab複合体(マウス)

    Mouse MPO–anti-MPO Fab complexes

    抗MPO抗体は、結合部位が違うほど好中球を強く動かす

    MPOとFabのクライオ電顕で、抗体の結合部位を特定した

2026.10.202

  1. 構造図:Cdr1(C. glabrata)

    Cdr1 (Candida glabrata)

    Cdr1は、ATPの加水分解後にCヘリックスをピストン状に引き込む

    クライオ電顕と3D変動解析で、ポンプが開く動きとイトラコナゾールの収まり方を捉えた

  2. 構造図:KKT23(トリパノソーマ)

    KKT23 (T. brucei)

    動原体の酵素KKT23は、トリパノソーマのH2Aをアセチル化する

    酵素ドメインの結晶構造はGCN5に最も近く、KKT23を減らすとH2Aのアセチル化が下がった

2026.10.193

  1. 構造図:AshA(放線菌)

    AshA (Amycolatopsis keratiniphila)

    放線菌の酵素AshAは、ヒスチジンを2位で硫黄化する

    1.11 Åの結晶構造で、ヒスチジンの向きが反応位置を決めると示した

  2. 構造図:PdpC(野兎病菌)

    PdpC (F. tularensis subsp. novicida)

    野兎病菌のPdpCは、タツノオトシゴ形の新しい折りたたみをもつ

    3.4 Åのクライオ電顕構造で5つのドメインを示し、PI(3)Pへの結合を調べた

  3. 構造図:口蹄疫ウイルス O/Cathay型

    FMDV O/Cathay topotype + porcine antibody pO18-29

    口蹄疫ウイルスは、VP3の2残基の変異で抗体を逃れる

    ブタ抗体pO18-29との複合体をクライオ電顕で解析し、結合の差を示した

2026.10.184

  1. 構造図:ヒトOCTN1(SLC22A4)

    Human OCTN1 (SLC22A4)

    OCTN1の外向き・内向きの構造から、阻害薬メベンダゾールを見いだした

    ヒトOCTN1のapo型とエルゴチオネン結合型をクライオ電顕で解き、構造に基づく仮想スクリーニングで阻害剤を探した

  2. 構造図:ヒトNHA1(SLC9B1)

    Human NHA1 (SLC9B1)

    ヒトNHA1の内向き構造は、エレベーター型の輸送を裏づける

    精子の運動に関わるNa⁺/H⁺交換体を3.6 Åで解析し、モデルした外向き状態との比較でコア領域の動きを調べた

  3. 構造図:ワクシニアウイルスD13(足場)

    Vaccinia virus D13 (scaffold)

    A17の末端ペプチドが、D13の棒状集合体を足場の格子に組み替える

    足場タンパク質D13の2種類の集合体をクライオ電顕で解析し、棒状から格子への移行を示した。

  4. 構造図:ヒトcPRC1(PRC1.4)

    Human cPRC1 (PRC1.4)

    PRC1は4つのサブユニットを密に組み、E2酵素をヌクレオソーム上に置く

    ヌクレオソーム結合型のヒトPRC1をクライオ電顕で解析し、PHC2を含む界面の働きを調べた

2026.10.163

  1. 構造図:ヒトCLN8(Batten病タンパク質)

    Human CLN8 (Batten disease protein)

    CLN8は、BMPの材料LPGを立体を選んでつくる酵素だ

    クライオ電顕で活性部位を示し、Batten病の変異は酵素活性を弱めた

  2. 構造図:DNAAF19–RUVBL1/2(ヒト)

    Human DNAAF19–RUVBL1/2

    DNAAF19は、シャペロンRUVBL1/2に結合して働くらしい

    クライオ電顕でRUVBL1/2の環にDNAAF19とDPCDが結合する様子を示した

  3. 構造図:SaMurJ(黄色ブドウ球菌)

    SaMurJ (S. aureus)

    黄色ブドウ球菌のMurJの構造が、初めて明らかになった

    外向きと内向きの2状態をクライオ電顕で解析し、大腸菌のMurJと同じ型の動きを示した

2026.10.141

  1. 構造図:ヒト繊毛の移行帯(ECT2L・DZANK1)

    Human ciliary transition zone (ECT2L, DZANK1)

    ECT2LとDZANK1は、繊毛の根もとで微小管をつなぐ

    気道細胞の中で構造を直接解析し、2遺伝子の変異は原発性線毛運動異常症の原因になる

2026.10.131

  1. 構造図:Pit2(トウモロコシ黒穂病菌)

    Pit2 (Ustilago maydis)

    Pit2から切り出されたペプチドが、カビのGPCRを活性化する

    Pit2の結晶構造で、リガンドのペプチドは二量体の芯に隠れていた

2026.10.114

  1. 構造図:WzmWzt(結核菌)

    WzmWzt (M. tuberculosis)

    基質とATPで構造が切り替わる、結核菌のガラクタン輸送体

    3つの状態をクライオ電顕で解析。ゲートヘリックスの動きが輸送のカギを握る

  2. 構造図:HLA-DR3–Ro60ペプチド(ヒト)

    Human HLA-DR3–Ro60 peptide

    Ro60ペプチドは、HLA-DR3の上で3つの残基をTCRに向ける

    自己抗原ペプチドと結合したHLA-DR3の初の結晶構造(2.87 Å)。TCRを組み込んだTregは抑制力が約2倍に

  3. 構造図:NsRufO(P450)

    NsRufO (P450)

    P450酵素RufOのニトロ化には、基質のヒスチジンが欠かせない

    抗生物質ルフォマイシンの合成で、His-5を介したプロトンの受け渡しが関わる可能性がある

  4. 構造図:Rho(結核菌)

    Rho (M. tuberculosis)

    結核菌のRhoは、天然変性のNIDで転写停止の目印を選ぶ

    NIDを欠くと、Rhoが見つけるRut部位は1759か所から47か所に減った

2026.10.091

  1. 構造図:DNA-PK–ヌクレオソーム複合体

    DNA-PK–nucleosome complex

    Kuはヌクレオソームの末端で、約2巻き分のDNAをほどく

    DNA-PKcsがKuを内側へ押し込む中間状態も、クライオ電顕で捉えた

2026.10.071

  1. 構造図:SpNanR(肺炎球菌)

    SpNanR (S. pneumoniae)

    肺炎球菌のNanRは、代謝物が四量体をつなぎとめて安定化する

    全長のapo型とDNA結合型の構造を決定。Arg67の対がDNAの副溝に入り込む