Contents

5 Articles
  1. 構造図:ヒト繊毛の移行帯(ECT2L・DZANK1)

    Picked up·New Structure

    Human ciliary transition zone (ECT2L, DZANK1)

    ECT2LとDZANK1は、繊毛の根もとで微小管をつなぐ

    気道細胞の中で構造を直接解析し、2遺伝子の変異は原発性線毛運動異常症の原因になる

  2. 構造図:ヒトグルタミン合成酵素(GS)

    Structure Update

    Human glutamine synthetase (GS)

    ヒトのグルタミン合成酵素は、産物で繊維になり働きを弱める

    時間分解クライオ電顕で、繊維の接合面にグルタミンが入ることを確認した

  3. 構造図:BepA-BAM複合体(大腸菌)

    Structure Update

    E. coli BepA–BAM complex

    BepAはフタ状の部分を外膜に差し込み、BAMで活性化する

    BAM複合体と結合したBepAのクライオ電顕構造で、α6-lidが外膜に入り、AI-plugが外れていた

  4. 構造図:ClpC NTD(黄色ブドウ球菌)

    Structure Update

    ClpC NTD (S. aureus)

    黄色ブドウ球菌ClpCを活性化する低分子が8種類見つかった

    結晶構造でCpd-8が疎水性の溝に入ることを確認し、他の化合物の結合部位は計算と変異で絞り込んだ

  5. 構造図:Mfa1線毛(P. gingivalis)

    Structure Update

    Mfa1 fimbriae (P. gingivalis)

    歯周病菌のMfa線毛は、プロテアーゼによる鎖の交換でつながる

    重合したMfa1の線維を3.0 Åのクライオ電顕で解析し、Ca2+の結合も確かめた

Picked up Today’s Structure2026.10.141 Article

ECT2LとDZANK1は、繊毛の根もとで微小管をつなぐ

気道細胞の中で構造を直接解析し、2遺伝子の変異は原発性線毛運動異常症の原因になる

PaperIn situ structure of the human ciliary transition zone links linker defects to primary ciliary dyskinesia

First authorHaixia Zhou (Harvard Medical School, USA)

CorrespondingHeymut Omran (University Children’s Hospital Münster, Germany), Alan Brown (Harvard Medical School, USA)

JournalScience (New York, N.Y.)

Published2026.09.10

LicenseTDM

構造図:ヒト繊毛の移行帯(ECT2L・DZANK1)
3D を読み込んでいます
RCSB で開く ↗ドラッグで回転 · クリックで拡大して周囲のアミノ酸を表示

Proteins & Nucleic Acids

  • ECT2L(連結部の主成分)Epithelial cell-transforming sequence 2 oncogene-like
  • SKP1(F-box結合)S-phase kinase-associated protein 1
  • DYNLL1(ダイニン軽鎖)Dynein light chain 1, cytoplasmic
  • DZANK1(連結部の橋渡し)Double zinc ribbon and ankyrin repeat-containing protein 1
疑問・課題
繊毛の根もとの関門である移行帯の分子構成と、運動性繊毛の病気との関係は、よく分かっていなかった。
アプローチ
ヒトの気道細胞を凍結して薄く削り、その場のクライオ電子線トモグラフィーとサブトモグラム平均で調べた。
結果
移行帯の二連微小管を6.9–7.3 Åで解き、9つのタンパク質を同定した。連結部の主役はECT2LとDZANK1だった。
わかったこと
ECT2LかDZANK1の機能喪失変異が原発性線毛運動異常症を起こし、移行帯の欠陥と運動性繊毛の病気が直接結びついた。
残された課題
DZANK1のIg様ドメインとアンキリン反復の位置は、まだ定まっていない。

Highlights

培養したヒト気道細胞をFIB(集束イオンビーム)で厚さ約200 nmのラメラに削り、細胞の中でそのまま移行帯を撮影した。精製せずに、細胞の中の状態のまま構造を解いている。

原文

“Focused ion beam (FIB) milling was performed on the periphery of the frozen ciliated cells, generating thin lamellae suitable for cryo-ET”Results

隣り合う微小管の連結部は、ECT2LとSKP1が2対2で組んだ複合体が並んだものと解釈された。DZANK1がその複合体どうしを橋渡しし、DYNLL1/2とともに隣のA管に取り付く。ただしDZANK1の小さなZn結合ドメインは、弱い密度のため明確には置けていない。

原文

“These observations together indicate that TZ linkers are linear arrays of ECT2L–SKP1–DZANK1–DYNLL1/2 complexes”Results

ECT2LかDZANK1の機能喪失変異をもつ患者4人の細胞では、移行帯の連結部が失われ、繊毛の先がこぶ状に膨らんだ。ECT2Lを壊したiPS細胞由来の細胞でも同じこぶ状の先端が見られた。

原文

“DMTs were irregularly spaced and often lacked discernible TZ linkers”Results

Lab Notes

発現系
ヒト鼻上皮の初代培養細胞を気液界面(ALI)で分化させ、繊毛を形成させた(3〜4週間)。
結晶化/グリッド作製
細胞を単離して金グリッド(Quantifoil R3.5/1)に載せ、Vitrobot Mark IVで背面ブロット8秒・湿度100%で凍結。Aquilos 2のcryo-FIB/SEMでラメラを作製。
データ収集・解析
Titan Krios+Selectris+Falcon 4i、64,000倍、ピクセル2 Å。Warpでトモグラムを再構成し、RELION5でサブトモグラム平均。

Related Articles

Structure Update2026.10.144 Articles

ヒトのグルタミン合成酵素は、産物で繊維になり働きを弱める

時間分解クライオ電顕で、繊維の接合面にグルタミンが入ることを確認した

PaperProduct-stabilized filamentation by human glutamine synthetase allosterically tunes metabolic activity

First authorEric Greene (University of California San Francisco, United States)

CorrespondingJames S Fraser (University of California San Francisco, United States)

JournaleLife

Published2026.10.12

LicenseCC BY 4.0

構造図:ヒトグルタミン合成酵素(GS)
3D を読み込んでいます
RCSB で開く ↗ドラッグで回転 · クリックで拡大して周囲のアミノ酸を表示

Proteins & Nucleic Acids

  • GS(グルタミン合成)Glutamine synthetase

Ligands

  • ATPAdenosine-5'-Triphosphate
  • グルタミンGLNGlutamine
疑問・課題
ヒトのグルタミン合成酵素(GS)は、数時間かかる転写や分解より速く、どう調節されるのか。
アプローチ
GSをクライオ電顕で解析し、時間分解実験、酵素反応速度、変異体、細胞の増殖試験で調べた。
結果
グルタミンが2つの10量体の接合面に結合して繊維を安定化し、アンモニアのKMは約3倍に上がった。
わかったこと
繊維化で活性部位のE305ループが乱れ、産物が増えるほど酵素が弱まる負のフィードバックになると考えられる。
残された課題
グルタミンがなくても繊維ができる酵素濃度は、細胞内よりずっと高い。

Highlights

反応が進んで産物が増えるほど、繊維の粒子の割合が直線的に増えた。接合面の密度(約2.2 Å)に、水素結合でつながる形でグルタミンをモデルした。

原文

“The positive linear correlation between fraction of particles in a filament-like assembly and reaction time suggests that a product of the forward reaction of GS acts to stabilize the filament assembly.”Results

活性部位のふたになるE305ループは、反応中の繊維ではほぼ密度が消えた。MDを併用した精密化では揺らぎが10 Åを超え、R299が活性部位に入り込む。繊維が基質を取り込みにくい理由とみられる。

原文

“By contrast, the filament map collected during turnover displayed almost no density in the region, which is indicative of a greater degree of disorder.”Results

ループの安定化を壊すR298A、L300Aは、グルタミンのない培地でGS欠損HEK293細胞の増殖を支えられなかった。R298Aは10量体でもループの密度がなかった。

原文

“However, the two loop mutants, R298A and L300A, could not support growth under glutamine-depleted conditions displaying the same phenotype as P242stop.”Results

Lab Notes

発現系
大腸菌 BL21(DE3) で発現。タグなし GS は N 末端 His6-SUMO(Ulp1 で切断)または C 末端 intein-CBD-His6 で作製。
コンストラクト
N 末端 His6 タグ付きは構造と活性が変わったため、タグなしの GS を使用。
精製
HisTrap → タグの切断 → 逆向き Ni-NTA → Superose 6 でデカマーの画分を回収。
結晶化/グリッド作製
Quantifoil 1.2/1.3 Cu300(+2 nm カーボン)、Vitrobot Mark IV。反応中の試料は ATP・NH4Cl・グルタミン酸を加え 53–600 秒で凍結。
データ収集・解析
Titan Krios+Gatan K3。cryoSPARC で処理(繊維は D5 対称)。ループは EMMIVox でアンサンブル精密化。

BepAはフタ状の部分を外膜に差し込み、BAMで活性化する

BAM複合体と結合したBepAのクライオ電顕構造で、α6-lidが外膜に入り、AI-plugが外れていた

PaperStress-induced membrane insertion at the β-barrel assembly machinery complex regulates BepA metalloprotease activity

First authorHenri Voedts (WEL Research Institute, Belgium)

CorrespondingSeung Hyun Cho, Jean-François Collet (WEL Research Institute, Belgium), Han Remaut (Vrije Universiteit Brussel, Belgium)

JournalNature Communications

Published2026.09.09

LicenseCC BY-NC-ND 4.0

構造図:BepA-BAM複合体(大腸菌)
3D を読み込んでいます
RCSB で開く ↗ドラッグで回転 · クリックで拡大して周囲のアミノ酸を表示

Proteins & Nucleic Acids

  • BamA(外膜バレル)Outer membrane protein assembly factor BamA
  • BamB(付属リポタンパク質)Outer membrane protein assembly factor BamB
  • BamC(付属リポタンパク質)Outer membrane protein assembly factor BamC
  • BamD(付属リポタンパク質)Outer membrane protein assembly factor BamD
  • BamE(付属リポタンパク質)Outer membrane protein assembly factor BamE
  • BepA(プロテアーゼ)Beta-barrel assembly-enhancing protease
  • 停滞した基質(OMP)Unknown beta-barrel substrate
疑問・課題
亜鉛を使う分解酵素M48ファミリーは自己阻害プラグで不活性に保たれるが、プラグが外れる仕組みは不明だった。
アプローチ
変異体のスクリーニングと生化学で調べ、基質が停滞したBAMに結合したBepAをクライオ電顕で解析した。
結果
BepAのα6-lidのループは長いヘリックスになって外膜に差し込まれ、AI-plugは活性部位の亜鉛から外れていた。
わかったこと
α6-lidが外膜に刺さってBepAをBAMに固定し、AI-plugを外すことで、必要な場所とときだけ酵素が働くと考えられる。
残された課題
BepAが基質の停滞をどう感知してα6-lidを差し込むのかは、まだ分かっていない。

Highlights

α6-lidを欠くBepAは、BamAやLptDと相互作用できない。SurAを欠いて外膜タンパク質の折りたたみがつまる条件では、野生型BepAは膜に結合するが、α6-lidを欠く変異体はペリプラズムに残った。

原文

“Remarkably, in the absence of SurA, BepA became exclusively membrane-associated, whereas BepA∆α6-lid remained in the periplasm (Fig. 5a).”Results

BamAのバレルが閉じたNb32複合体ではBepAはBAMに結合するがプラグは亜鉛に配位したままで、基質が加わって開いたNb5複合体でだけ活性型だった。著者は、基質の停滞でバレルが長く開くことが活性化に要ると推測している。

原文

“The EM density for the AI-plug region is poorly defined, indicating increased flexibility in the α8-α9-α10 loops, yet the α9 AI-plug remains coordinated to the catalytic Zn2+, maintaining the enzyme in a locked state.”Results

bepAのランダム変異ライブラリーを、外膜が漏れるとピンク色になる色素CPRGで選別した。AI-plugを支えるD205とR252、フタのG166など、活性の調節に関わる残基が見つかった。

原文

“Thus, D205 and R252, which are interconnected by hydrogen bonds, appear to function in tandem to stabilize the AI-plug that blocks the catalytic site”Results

Lab Notes

発現系
E. coli BW25113に、strepタグ付きBepA #127/E137Q変異体(pBAD42)を導入し、0.2% L-アラビノースで37℃・3時間誘導。
コンストラクト
BepA #127変異体(A149G・L169S・Q176H・G184C)に触媒欠損E137Qを加えた。BamAに対するナノボディNb5またはNb32を加えて複合体を安定化。
精製
1.5% DDMで全細胞を溶かし、Strep-Tactin XTで精製。ナノボディのHisタグでNi-NTAによる2回目の精製を行い、LMNG中に溶出。
結晶化/グリッド作製
酸化グラフェンをのせたQuantifoil R2/1(銅300メッシュ)に約0.1 mg/mLを3 μL塗布。CP3プランジャーで背面から4秒ブロット。
データ収集・解析
JEOL CRYO ARM 300(300 kV)+K3、カウンティング、60フレーム・総線量60 e-/Å2。RELION 5.0.1とcryoSPARC 4.7.1で処理し、EMReady2で鮮明化。

Related Articles

黄色ブドウ球菌ClpCを活性化する低分子が8種類見つかった

結晶構造でCpd-8が疎水性の溝に入ることを確認し、他の化合物の結合部位は計算と変異で絞り込んだ

PaperSmall-molecule activators of the Staphylococcus aureus ClpC/ClpP AAA+ protease

First authorTimo Jenne (Center for Molecular Biology of Heidelberg University (ZMBH), Germany)

CorrespondingAxel Mogk (Center for Molecular Biology of Heidelberg University (ZMBH), Germany)

JournaliScience

Published2026.09.22

LicenseCC BY 4.0

構造図:ClpC NTD(黄色ブドウ球菌)
3D を読み込んでいます
RCSB で開く ↗ドラッグで回転 · クリックで拡大して周囲のアミノ酸を表示

Proteins & Nucleic Acids

  • ClpC(N末端ドメイン)ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC

Ligands

  • Cpd-8A1JXU4-[6-[2-[(3~{R})-3,5-bis(4-methoxyphenyl)-3,4-dihydropyrazol-2-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]sulfanyl-4-oxidanylidene-5~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]benzenesulfonamide
疑問・課題
細菌のタンパク質分解装置を動かすClpCについて、黄色ブドウ球菌のClpCを調節する低分子は報告されていなかった。
アプローチ
約11万の低分子ライブラリーをスクリーニングし、結晶構造・ドッキング・変異体で結合部位を調べた。
結果
8化合物がClpCのATP分解を2.2〜4.9倍に高めた。作用部位はN末端ドメイン(NTD)とみられ、Cpd-8は疎水性の溝に結合した(1.90 Å)。
わかったこと
疎水性の溝とpArg1ポケット(リン酸化アルギニンの結合部位)は低分子で狙える調節部位だが、細胞での毒性はClpC/ClpPに依存しなかった。
残された課題
ほとんどの化合物のNTDへの直接結合はまだ確かめられておらず、最適化が必要である。

Highlights

約11万化合物のスクリーニングから、FITC-カゼインの分解を高める8化合物を選んだ。EC50は低〜中μMで、ClpPだけではどの化合物でも分解は起きなかったため、標的はClpCとみられる。

原文

“None of the tested compounds enabled ClpP to degrade FITC-casein, suggesting that they target ClpC.”Results

Cpd-8は疎水性の溝の一部に結合し、水素結合はGly4との1本で、他は疎水性の接触だった。静止状態のClpCに重ねるとAAA1ドメインと衝突するため、これが活性化の原因だと著者は推測している。

原文

“We speculate that re-orientation of the ClpC N-terminus could clash with the resting state and destabilize it, leading to ClpC activation.”Results

Cpd-10とCpd-41はMecA-mEOSの分解を妨げ、pArg1部位の変異体T7Dでは効かなかった。小分子でpArg1ポケットを狙える可能性を示すが、結合の根拠は変異体とドッキングによる間接的なものである。

原文

“Intriguingly, most compounds still enhanced ClpC-T7D activity, whereas Cpd-10 and Cpd-41 no longer did so (Figure 4G).”Results

Lab Notes

発現系
ClpC・ClpP・MecAなどを、pDS56系ベクターで大腸菌ΔclpB株に過剰発現(2x YT、30℃)。
コンストラクト
ClpC(野生型・変異体)、単離NTD、NTDを欠くΔN-ClpC。いずれもC末端His6タグ付き。
精製
Ni-IDAで精製 → Superdex 200ゲルろ過(Tris-HCl pH 7.5、KCl、MgCl2、グリセロール、DTT)。
結晶化/グリッド作製
シッティングドロップ蒸気拡散、18℃(291.15 K)。タンパク質7.5 mg/mL 500 nL+リザーバー100 nL(硫酸アンモニウム約1.9〜2.1 M)。14〜21日で結晶化。
データ収集・解析
ESRF ID30A-1で測定、XDS・AIMLESSで処理。AlphaFold2モデルを探索モデルにPHASERで分子置換し、phenix.refineで精密化。

Related Articles

歯周病菌のMfa線毛は、プロテアーゼによる鎖の交換でつながる

重合したMfa1の線維を3.0 Åのクライオ電顕で解析し、Ca2+の結合も確かめた

PaperCryo-EM structure of the native assembled Mfa type V pilus from the periodontal pathogen Porphyromonas gingivalis

First authorSatoshi Shibata (Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Japan)

CorrespondingSatoshi Shibata, Matthias Wolf (Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University, Japan)

JournalCommunications Biology

Published2026.06.24

LicenseCC BY-NC-ND 4.0

構造図:Mfa1線毛(P. gingivalis)
3D を読み込んでいます
RCSB で開く ↗ドラッグで回転 · クリックで拡大して周囲のアミノ酸を表示

Proteins & Nucleic Acids

  • Mfa1(サブユニット1)Minor fimbrium subunit Mfa1
  • Mfa1(サブユニット2)Minor fimbrium subunit Mfa1
  • Mfa1(サブユニット3)Minor fimbrium subunit Mfa1
疑問・課題
歯周病菌の短い線毛であるMfa線毛の構造と、組み立ての仕組みは不明だった。
アプローチ
組換えMfa1を酵素RgpBで試験管内で重合させ、できた線維をクライオ電顕で解析した。
結果
切断で解放された鎖が隣のサブユニットの溝に入り、元の鎖と入れ替わっていた。Ca2+も結合部位に残っていた。
わかったこと
Mfa線毛もFim線毛と同じく、プロテアーゼによる鎖の交換で組み上がることが確かめられた。
残された課題
重合が先端側のピリンから始まるとされるが、順に重合する正確な仕組みは不明だ。

Highlights

Mfa1のC末端の2残基、または1残基を欠くと、細胞は線毛を作れなかった。C末端のドナー鎖が隣のサブユニットに入り込んで鎖の交換を始めるのに、末端が必要だと著者は考えている。

原文

“A ladder pattern was detected by Western blot only in samples from cells expressing full-length Mfa1 (Fig. 2B).”Results and discussion

Ca2+の結合部位を壊した変異体(DDNE/A)でも重合し、EDTA処理にも安定だった。一方、この変異体の線維はヒトの血管内皮細胞のIL-6産生を強く促し、Ca2+が免疫による認識を和らげている可能性がある(著者の推測)。

原文

“The Mfa1 structure containing Ca2+ ion presumably reduces immune recognition in the host.”Results and discussion

連鎖球菌のSspBが結合するとされる領域を重合体の構造に写すと、αヘリックス(343–362)が単量体とは違う位置にあった。SspBとのドッキングは直接の接触を支持せず、結合の確定には至っていない。

原文

“Mapping of the SspB interaction region of Mfa1 onto the atomic model of polymerized three Mfa1 subunits shows its 3D location on the Mfa pilus (Fig. 4A).”Results and discussion

Lab Notes

発現系
N末端Hisタグ付きMfa1(残基21–563)を大腸菌BL21(DE3)で発現(IPTG 1 mM、20℃・18時間)。
コンストラクト
野生型rMfa1と、金属結合部位のD507A・D509A・N512A・E514A変異体(DDNE/A)。
精製
Talonレジンでアフィニティ精製し、PBSに置換。RgpBもHisタグ付きで精製。
結晶化/グリッド作製
rMfa1(1.5 mg/mL)をRgpB(1 mg/mL)と37℃・4時間反応させて重合し、PEG-6000で沈殿。Quantifoil 2/1 Cu 400メッシュ、ブロット3秒・4℃・湿度100%。
データ収集・解析
Titan Krios(300 kV)+Falcon 3(カウンティング)、2,503ムービー、1.08 Å/pixel。CryoSPARCで267,383断片から2.99 Å(対称性は課さない)。

Related Articles

Not Covered