2026.10.15 号：PfRIPR（熱帯熱マラリア原虫）、IgLON5とFab2513（ヒト）

Structure Update2026.10.152 Articles

増殖を抑える抗体は、マラリア原虫PfRIPRの尾部を折り曲げる

抗体4種との複合体を解析し、折れ曲がりを起こさない抗体は増殖を抑えなかった

PaperDynamic hinge-motion of PfRIPR revealed by malaria invasion inhibitory antibodies

First authorBrendan Farrell (University of Oxford, UK)

CorrespondingJoshua Tan (National Institutes of Health, USA), Matthew K. Higgins (University of Oxford, UK)

JournalNature Communications

Published2026.08.24

LicenseCC BY 4.0

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Proteins & Nucleic Acids

PfRIPR（抗体の標的）Immunoglobulin gamma-1 heavy chain,Rh5-interacting protein
RP.012（重鎖）RP.012 heavy chain
RP.012（軽鎖）RP.012 light chain

疑問・課題: 赤血球への侵入に必須な複合体の中心因子PfRIPRに、抗体がどう結合して侵入を防ぐのかは、構造がなく不明だった。
アプローチ: ヒト由来3種とマウス由来1種の抗体とPfRIPR断片の複合体を、X線結晶構造とクライオ電顕で解析した。
結果: 増殖阻害抗体RP.012は、EGF6とEGF7の間で尾部を曲げていた。非阻害のMAD8-739では曲がらなかった。
わかったこと: PfRIPRの尾部が侵入の際に形を変える必要があり、RP.012はその動きを妨げる可能性がある。
残された課題: 抗体を組み合わせたときに相乗効果が生じる仕組みは、まだ明らかでない。

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Highlights

RP.012との結晶構造（2.20 Å）では、EGF6とEGF7の向きが78°ずれていた。AlphaFoldの直線的な予測と比べると、EGF7が74°回転した曲がりがある。以前から尾部の柔らかさが指摘された位置にあたる。

原文

“RP.012 binds at the interface between EGF-like domains 6 and 7, such that lines through the two domains lie at 78° to one another”Results

EGF5-8を蛍光タンパク質で挟んだFRETプローブでは、RP.012だけがFRET効率を上げた。EGF6-7をジスルフィド結合で伸びた形に固定すると、RP.012は結合できなくなった。

原文

“RP.012 increased FRET efficiency of the probe significantly (Fig. 2f), while MAD8-2 and MAD8-739 decreased FRET efficiency (Fig. 2f).”Results

MAD8-2はRP.012の阻害を打ち消し（約16%、RP.012単独は46%）、C末端ドメインに結合するMAD8-66との併用では約93%に上がった。ワクチン抗原にはEGF5-8以外も要る可能性がある。

原文

“the best immunogen may require discontinuous regions of PfRIPR, from both EGF5-8 and the CTD.”Discussion

Lab Notes

発現系: PfRIPR 断片や抗体は Expi293F 細胞で発現。抗体の Fab・scFv も同じ細胞。
コンストラクト: RP.012 はマウス抗体を、ヒト IgG1 定常領域のキメラとして発現。scFv は VH-(GGGGS)3-VL。
精製: Protein G、ニッケル樹脂などでアフィニティー精製し、S200・S75 でゲル濾過。
結晶化／グリッド作製: 結晶は18 °C のシッティングドロップ蒸気拡散（RP.012 複合体は 14.7 mg/mL）。クライオ電顕は C-flat 1.2/1.3、Vitrobot Mark IV。
データ収集・解析: 結晶は Diamond Light Source（I04、I24）。クライオ電顕は Titan Krios＋K3、28,491 ムービー。

10.28 · 03小さなキナーゼのATP結合部位が、鋳型照合で見えた同じファミリー（Pfam）：C1-set、V-set
10.24 · 13RBDを下に固定する抗体は、マクロファージへの侵入を起こさなかった同じファミリー（Pfam）：V-set
10.24 · 03同じβ鎖でも、α鎖が違うとT細胞受容体の抱き方が変わる同じファミリー（Pfam）：C1-set

IgLON5抗体は二量体を壊さず、受容体の集合を促しうる

患者の抗体Fabとの複合体を3.7 Åで解析し、第2Igドメインへの結合を示した

PaperStructural basis of IgLON5 autoantibody recognition in autoimmune encephalitis

First authorAngelique Roux (Lausanne University Hospital and University of Lausanne, Switzerland)

CorrespondingLaurent Perez (Lausanne University Hospital and University of Lausanne, Switzerland)

JournalNature Communications

Published2026.09.11

LicenseCC BY 4.0

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Proteins & Nucleic Acids

Fab軽鎖（自己抗体）IgLON family member 5
Fab重鎖（自己抗体）Fab Heavy Chain
IgLON5（神経接着分子）Fab Light Chain

疑問・課題: 神経の接着分子IgLON5への自己抗体がどう結合し病気に関わるかは、よく分かっていなかった。
アプローチ: 患者の記憶B細胞から高親和性のIgG4抗体を単離し、そのFabとIgLON5の複合体をクライオ電顕で解析した。
結果: Fabは第2Igドメインに結合し、二量体の反対側の面に1つずつ付く。二量体の構造は保たれた。
わかったこと: 抗体は二量体を壊さず、隣り合う二量体を橋渡しして受容体を集めると考えられる。
残された課題: 単一の患者の1抗体に基づくため、他の患者でも同じ結合様式かは今後の課題だ。

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Highlights

二量体の両側のFabは反対向きに付くため、1つの抗体が1つの二量体に二価で結合することはできず、隣の二量体を橋渡しすると考えられる。IgG1にした抗体は細胞表面でのIgLON5の会合を増やし、Fab単独では増えなかった。

原文

“This spatial arrangement demonstrates that the antibody cannot bind bivalently to a single IgLON5 dimer.”Results

Fabは残基163–205にわたる第2Igドメインの面をはさみ込むように結合し、埋もれる面積は680 Å²。IgLONファミリーで最も違いの大きいβ12–β12′ループが結合の中心で、他のメンバーとは反応しない理由と考えられる。

原文

“This interaction is mediated by a compact and highly complementary interface spanning residues 163–205 of IgLON5, burying a total surface area of 680 Å² (Fig. 4c).”Results

抗体の前駆体（生殖細胞系列に戻した配列）でもIgLON5に結合し、KDは成熟抗体の1.5 pMに対し2.8 nM。体細胞変異は認識に必須ではなく、解離を遅くして複合体を安定にしていた。

原文

“We detected a high affinity interaction between Fab2513 and IgLON5, with a calculated KD value of 1.5 ± 0.08 × 10−12 M”Results

Lab Notes

発現系: IgLON5（細胞外領域、残基1–316、Fc融合）とFab、抗体をExpi293細胞に一過性に導入して発現。
コンストラクト: IgLON5はGPIアンカーを避けるため316で切り、パパインでFcを除去。Fabは重鎖のヒンジにGSリンカーとHis6タグ。
精製: IgLON5はProtein AまたはIMAC後にパパインでFcを除き、Superdex 200 Increaseで精製。FabはIMACとサイズ排除。
結晶化／グリッド作製: IgLON5（2 mg/ml）にFabを3倍モル過剰で混合。0.005%のFos-Choline 8を加え、Quantifoil 1.2/1.3 Cu 300メッシュに塗布してVitrobot Mark IVで凍結。
データ収集・解析: Titan Krios G4＋Falcon IV（カウンティング）で17,169枚、0.83 Å/pixel。cryoSPARC 4.4で702,836粒子から3.7 Å、局所精密化で3.5 Å。

10.24 · 01大腸菌の毒素CNF1は、ラミニンに似た形で受容体BCAMに結合する同じファミリー（Pfam）：V-set、Ig_3
10.28 · 03小さなキナーゼのATP結合部位が、鋳型照合で見えた同じファミリー（Pfam）：V-set
10.24 · 13RBDを下に固定する抗体は、マクロファージへの侵入を起こさなかった同じファミリー（Pfam）：V-set

Not Covered

Design and Exploration of a Tricyclic Series of CNS-Penetrant CD38 Small Molecule Inhibitors — ACS Med Chem Lett（新しい構造）
A cavity-reduced prefusion RSV F bivalent vaccine elicits durable and protective immunity — EMBO Mol Med（新しい構造）
Assessing CD8+ T cell cross‐reactivity to influenza A, B and C virus‐derived peptides presented by HLA‐B*18:01 — Clin Transl Immunology（新しい構造）
Discovery of an antagonist nanobody targeting the oxytocin receptor with tocolytic effect in mice — Nat Commun（新しい構造）
Development of GuaB Inhibitors to Treat Mycobacterium tuberculosis Infection — ACS Infect Dis（新しい構造）
PXL: a nucleic acid-binding module of the promyelocytic leukemia protein — Nucleic Acids Res（新しい構造）
Structural organization of TAM receptor ectodomains — Biochem J（新しい構造）
A novel multifunctional starch debranching enzyme from Myxococcus sp. V11 — Appl Microbiol Biotechnol（新しい構造（PDB ID が本文にない））
Bioinformatic prediction, qCLASH, and AlphaFold3 reveal non-overlapping layers of the miR-214-3p–mRNA interactome — Front Genet（新しい構造（PDB ID が本文にない））

2026.10.15

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増殖を抑える抗体は、マラリア原虫PfRIPRの尾部を折り曲げる

IgLON5抗体は二量体を壊さず、受容体の集合を促しうる

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増殖を抑える抗体は、マラリア原虫PfRIPRの尾部を折り曲げる

Proteins & Nucleic Acids

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