Structure-Based Study

既存の構造を使って仕組みの解明や創薬に迫った注目の研究。

2026.11.051

1. 05

   WRAP-MspA (M. smegmatis porin A)

   設計タンパク質WRAPで包むと、膜タンパク質が水に溶ける

   既存構造をもとに設計し、抗酸菌のポリンMspAを包んだ複合体をクライオ電顕で2.95 Å解析した

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2026.11.031

1. 構造図なし04

   Human GSK3β

   GSK3βの結晶構造111件は、8つの状態に分けられる

   既存のPDB構造をすべて分類し、リガンドの種類と活性化ループの違いを関連づけた

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2026.11.011

1. 04

   Reactive arginines; cyclophilin A R55

   ニンヒドリンが、アルギニンを狙う共有結合の弾頭になる

   反応性アルギニンを6,800以上分類し、既存のPDB構造を使ってシクロフィリンAを狙う分子を設計した

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2026.10.311

1. 03

   Nur77 (NR4A1) ligand-binding domain

   Nur77 のリガンド結合ドメインは、2つの状態で共存している

   NMR と変異体解析で、H1–H3 ループ周辺の弱い相互作用網が状態の比率を保つことが分かった

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2026.10.302

1. 15

   MbnH (M. trichosporium OB3b)

   二ヘム酵素の電子は、トリプトファンなしでも運ばれる

   MbnHの変異体解析で、ヘムのプロピオン酸基を通る別の電子の通り道が見えた

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2. 構造図なし16

   Human cyclophilin A (CypA)

   19F–19F NOESYで、タンパク質中の約5 Å以内の距離が測れる

   シクロフィリンAに入れた二フッ素化トリプトファンで、F–F距離を小分子のX線構造と比べて確かめた

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2026.10.292

1. 20

   Human YTHDF1 YTH domain (YTHDF1–3)

   エラグ酸は、YTHDF3種すべてのm6A認識を妨げる

   共結晶構造でm6A結合ポケット隣の結合部位を示し、三陰性乳がんの増殖も抑えた

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2. 21

   PDCoV spike (porcine deltacoronavirus)

   胃酸のpHで、PDCoVのスパイクが受容体に結合しやすくなる

   pH 4.0のクライオ電顕構造で、受容体結合ドメインが約14°外へ回っていた

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2026.10.282

1. 03

   Protein kinase A catalytic subunit (~43 kDa)

   小さなキナーゼのATP結合部位が、鋳型照合で見えた

   既知の構造を鋳型に粒子の向きを決める2DTMで、公開データから約43 kDaの酵素を再構成した

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2. 04

   SARS-CoV-2 main protease (Mpro)

   エブセレンは、C300への結合でMproの二量体を不安定にする

   ペプチド模倣阻害剤は二量体を安定にする。ネイティブMSとHDX-MSで、阻害のしかたの違いを分けた

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2026.10.261

1. 01

   KRAS–CYPA with RAS(ON) inhibitors (human)

   RAS阻害剤への耐性は、薬が結ぶ複合体を壊す変異で起こる

   患者検体の耐性変異を結晶構造と変異体で解析し、Y64変異にも効く化合物を示した

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2026.10.251

1. 04

   Lipoyl synthase LipA (E. coli)

   リポ酸合成酵素は、Ser308が鉄を離すかどうかで反応が分かれる

   既存の結晶構造を土台に、変異体の活性と分光で調べた

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2026.10.241

1. 13

   SARS-CoV-2 spike RBD and antibodies

   RBDを下に固定する抗体は、マクロファージへの侵入を起こさなかった

   公開済みの抗体・スパイク複合体の構造を重ねて立体衝突を数え、偽ウイルスの侵入実験と照らした。

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2026.10.233

1. 14

   Ubiquitin, CspA, SN and 7 other proteins

   高いpHのNMRで、タンパク質の水素結合を見分ける

   既存の構造をもつ10種で、残る信号が水素結合と約91%一致した

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2. 15

   Tau jR2R3-P301L peptide fibril

   タウの線維化は、V300付近の1か所から始まる

   既存のクライオ電顕構造を使い、NMRとEPRで結合の順を追った

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3. 16

   SfbI thioester domain (group A Streptococcus)

   細菌の接着ドメインは、pHで共有結合を外す

   SfbI-TEDとフィブリノーゲンの結合は、pH6.0で速くほどける

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2026.10.221

1. 13

   β1-adrenergic receptor (β1AR, turkey)

   阻害薬AS408は、βアドレナリン受容体の細胞内側を切り離す

   既存の構造を土台に、溶液NMRと変異体で調べた

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2026.10.212

1. 11

   Dopamine D3 receptor (human)

   D3受容体はGαiと共役せず、Gαoを選ぶ

   キメラと変異体で、Gαのα5ヘリックスとICL2が選択性を決めると示した

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2. 12

   TRIM25 coiled-coil domain

   PELDORで、17.3 nmの距離を測れた

   重水素化と測定条件の最適化で、TRIM25 の曲がりを溶液で捉えた

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2026.10.203

1. 04

   Beta-1 adrenergic receptor (Meleagris gallopavo)

   ナノボディで見分ける、β1ARがリガンドごとに取る形

   既存のX線構造を手がかりに、ネイティブMSでリガンド特異的な状態を測った

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2. 構造図なし05

   AMPA receptor (brain slice lamella)

   Fabに金粒子を固定し、脳切片のAMPA受容体を位置づける

   クライオETで、金ナノ粒子付きFabを目印に脱感作時の形をサブナノメートルで調べた

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3. 06

   GBA2 (human) / TxGH116 (T. xylanolyticum)

   GBA2だけを止める、脳に届く共有結合型阻害剤

   N-アルキルアジリジン5はマウス脳のGBA2を阻害し、細菌相同体との結晶構造で共有結合を確かめた

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2026.10.191

1. 構造図なし15

   STV-C8 (AI-designed protein assembly)

   AIが設計したタンパク質で、RNA運搬体を作った

   設計集合体100種超を試し、STV-C8が運搬効率で既存の運搬体を上回った。構造はクライオETで大きさを確認

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2026.10.181

1. 15

   μOR–Gi complex (mouse, human)

   オピオイドの効力は、Gαドメインの開きやすさに表れる

   既存の構造を使い、一分子FRETでμOR–Gi複合体のAHDの動きを測った。強い作動薬ほど開きが速い

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2026.10.171

1. 構造図なし01

   Human ZBP1 Zα domain

   ZBP1は、できあがったZ型RNAにだけ結合する

   NMR・CD・ITCで調べると、無修飾のRNAをZ型に変換できなかった

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2026.10.122

1. 02

   Mouse CBP NCBD

   フルオロプロリンの立体が、NCBDの結合力を左右する

   既存のNMR構造2KKJなどと比べ、19F NMRでヘリックスの向きを調べた

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2. 03

   Human PD-L1 · avelumab

   アベルマブの結合面は、HDX-MSと固体NMRでも結晶構造と一致した

   既存の5GRJと比べて確かめ、PD-L1のC末端の保護も見えた

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